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L'EONILE
Le Nil actuel est au moins le cinquième fleuve qui ait coulé au nord des montagnes éthiopiennes. Grâce à des images satellites, on a pu repérer des cours d'eau asséchés dans le désert à l'ouest du Nil. Un canyon, maintenant rempli par la dérive extérieure, représente un Nil antique appelé l’Eonile qui a coulé vers la fin du Miocène (23-5,3 millions d'années). L’Eonile a transporté les sédiments clastiques dans la Méditerranée; plusieurs gisements de gaz ont été découverts dans ces sédiments. Au sud du Caire, une gorge remplie de sable atteint une profondeur de 1 400 mètres.Pendant la crise du Méssinien à la fin du Miocène, lorsque la mer Méditerranée était un bassin fermé et que le niveau de la mer avait baissé d'approximativement 1 500 m, le Nil était alors au niveau de cette mer, au point d'être à Assouan quelques centaines de mètres plus bas que le niveau des océans. Cet immense canyon est maintenant rempli de sédiments.
Autrefois, le lac Tanganyika se déversait au nord dans le Nil, jusqu'à ce que les volcans de Virunga aient bloqué son cours au Rwanda. Cela aurait rendu le Nil beaucoup plus long, avec sa source au Nord de la Zambie.